在每天10毫克的推薦劑量下，本品未見明顯的鎮靜作用。
常見不良反應有乏力、頭痛、嗜睡、口干、胃腸道不適包括惡心、胃炎以及皮疹等。
罕見不良反應有脫發、過敏反應、肝功能異常、心動過速及心悸等。
在大約90000名患者參加的臨床試驗中，還發生下述不良反應，發生率小于2％：
自主神經系統：流淚、流涎、潮紅、感覺遲鈍、陽瘺、多汗；
一般狀況：血管神經性水腫、虛弱、背痛、視物模糊、胸痛、耳痛、眼痛、腿部抽筋、抑郁、寒顫、耳鳴、病毒感染、體重增加；
心血管系統：高血壓、低血壓、室上性快速性心律失常、暈厥；
中樞和外周神經系統：眼瞼痙攣、眩暈、感覺異常、震顫；
胃腸道系統：消化不良、胃脹、味覺改變、食欲下降、便秘、腹瀉、呃逆、食欲增加、牙痛、嘔吐；
肌肉骨骼系統：關節炎、肌痛；
精神神經系統：激動、健忘、焦慮、精神錯亂、性欲下降、抑郁、注意力不集中、失眠、易怒；
生殖系統：乳房痛、痛經、月經過多、陰道炎；
呼吸系統：支氣管炎、支氣管痙攣、咳嗽、呼吸困難、鼻出血、咯血、喉炎、鼻干、咽炎、鼻竇炎、噴嚏；
皮膚及附屬器：真皮炎、毛發干燥、皮膚干燥、光敏反應、瘙癢癥、紫癜、風疹；
泌尿系統：尿頻、尿液外觀顏色改變、尿失禁、尿潴留；
另外，服用本品還可偶發乳腺增生，多形紅斑，周圍性水腫、癲癇。

不推薦6歲以下、6歲以上但體重≤30公斤的兒童使用本品，建議選擇其他適宜的劑型。
肝功能受損者對氯雷他定的清除率降低，應降低初始劑量。推薦半劑量每天服用或全劑量隔天服用。
肝功能不全的患者請在醫生指導下使用。
妊娠期及哺乳期婦女慎用。本品在動物實驗中未發現致畸作用，未在妊娠及哺乳期婦女中考察本品的安全性。當潛在獲益超過可能對胎兒或新生兒造成潛在風險的情況下才使用本品。氯雷他定可通過母乳排泄，因此哺乳期婦女需要決定是否停止哺乳或停用本品。
在做皮試前約48小時應中止使用本品，因抗組胺藥能阻止或降低皮試的陽性反應發生。
對本品過敏者禁用，過敏體質者慎用。
本品性狀發生改變時禁止使用。
請將本品放在兒童不能接觸的地方。
兒童必須在成人監護下使用。
如正在使用其他藥品，使用本品前請咨詢醫師或藥師。
已報告的本品服用過量的不良反應包括嗜睡、心動過速和頭痛。如服用過量，請立即向醫務人員求助，制定相應的治療措施。氯雷他定不能通過血液透析清除，不確定是否能通過腹膜透析清除。
當與酒精同時服用時，根據精神運動試驗研究表明氯雷他定無藥效協同作用。
無本品濫用或藥物依賴的證據。
成人過量服用本品(40～180毫克)可發生嗜睡、心律失常、頭痛。一旦發生以上癥狀，立即給予對癥和支持療法。治療措施包括催吐，隨后給予活性碳吸附未被吸收的藥物。如果催吐不成功，則用生理鹽水洗胃，進行導瀉以稀釋腸道內的藥物濃度，血液透析不能清除氯雷他定，還未確定腹膜透析能否清除本品。